Meskipun Moshe Dayan tidak terlibat secara langsung dalam perancangan persediaan untuk Perang Enam Hari dalam bulan Jun 1967, perlantikannya sebagai Menteri Pertahanan Israel dikatakan faktor penyumbang yang membawa kepada kejayaan Angkatan Bersenjata Israel. Apabila pihak Syria mula membedil perkampungan Israel di Galilee, Moshe Dayan tanpa teragak-agak membuat keputusan untuk menyerang Syria.

Selepas perang, Moshe Dayan, yang bukannya jenis orang yang merendah diri, tanpa segan silu mendakwa bertanggungjawab secara langsung ke atas perancangan yang membawa kejayaan besar tersebut. Reputasi Moshe dayan sebagai seorang pemimpin yang berkesan melonjak naik dan mengukuhkan lain kerajaan pimpinan Levi Eshkol. Moshe Dayan kemudiannya bertanggungjawab menamatkan pertelingkahan dengan Syria apabila menguruskan gencatan senjata dengan pihak Syria, proses yang dibuat melalui Ketua Turus Pasukan Pemerhati PBB Jeneral Odd Bull.

Moshe Dayan kemudian mengetuai golongan fahaman kanan dalam Parti Buruh yang menentang sebarang pengunduran ke sempadan asal sebelum Perang Enam Hari. Moshe Dayan sendiri lebih menyukai “Sharm-al-Sheikh tanpa keamanan” berbanding dengan keamanan tanpa “Sharm-al-Sheikh” . Moshe Dayan bertukar prinsip ini pada kemudian hari (yang membolehkan beliau merundingkan keamanan dengan Mesir kelak).

Dalam temu ramah tahun 1976 dengan wartawan Israel Rami Tal, Moshe Dayan mendakwa bahawa 80 peratus daripada pertempuran di seberang perbatasan sebenarnya adalah disebabkan oleh provokasi oleh Israel dan bukannya disebabkan tindakan ganas Syria. Moshe Dayan berkata, “Saya silap kerana membenarkan penaklukan bukit Golan. Selaku Menteri Pertahanan, saya boleh mengarahkan penghentian penaklukan itu, kerana ketika itu Syria tidak mengancam Israel.” [1] [2]